Juan José Bahillo nació en 1966 en Gilbert, al sur de Entre Ríos, realizando posteriormente sus estudios en Gualeguaychú. Entre los años 1983 y 1993 trabajó en la empresa rural de su familia y desde ese año se incorpora al segmento Pyme de la actividad industrial entrerriana con una firma alimenticia. 

Desempeñó funciones en calidad de dirigente de diversas organizaciones intermedias de Gualeguaychú, como la Sociedad Rural, el Centro de Defensa Comercial, la Cooperativa Eléctrica y Racing Club de dicha ciudad. 

En el 2003 comenzó su carrera política al ser electo diputado provincial por el Frente para la Victoria y fue, incluso, jefe del bloque. En su primera gestión como legislador presentó más de 50 proyectos, siendo el diputado que logró sancionar la mayor cantidad de proyectos de ley, como por ejemplo la ley de paritarias actual, y uno de los más importantes para Gualeguaychú, el que le transfirió a la ciudad el predio del Frigorífico. 

Fue electo intendente de Gualeguaychú en dos oportunidades: en 2007 y en 2011, convirtiéndose en el primero intendente reelecto de la localidad. 

En 2015 fue elegido diputado provincial una vez más, llegando posteriormente al Congreso Nacional. Desde el 2019, y hasta ser designado Secretario de Agricultura, Ganadería y Pesca de la Nación, ejerció el cargo de Ministro de Producción, Turismo y Desarrollo de Entre Ríos dentro del gabinete del gobernador reelecto Gustavo Bordet. 

Actualmente se desempeña como Secretario de Agricultura, Ganadería y Pesca, acompañando la gestión del Ministro de Economía, Sergio Massa